Departamento de Informática (UM)

Bioinformática

14827 [9405N4]

Mestrado Integrado em Engenharia Biomédica [MIEBIOME]

S1

Miguel Francisco Almeida Pereira Rocha

Objetivos

A Unidade Curricular tem como objetivo Introduzir os principais conceitos e problemas do campo da Bioinformática, promovendo a utilização e a avaliação crítica das principais aplicações de software de bioinformática e análise de dados biológicos disponíveis e a sua utilização na resolução de problemas na investigação biomédica, bem como desenvolvendo competências ao nível do desenvolvimento de algoritmos básicos de Bioinformática e sua implementação.

Programa

1. Introdução à Bioinformática.
2. Principais bases de dados e representações computacionais de sequências.
3. Algoritmos básicos de processamento e manipulação de sequências biológicas.
4. Principais ferramentas bioinformáticas para a Biologia Molecular.
5. Alinhamento e similaridade de sequências.
6. Pesquisa em bases de dados por sequências similares.
7. Alinhamento múltiplo de sequências.
8. Procura de motifs.
9. Análise filogenética.
10. Expressão genética e genómica funcional.
11. Dados ómicos e sua análise.
12. Noções básicas de Mineração de Dados/ Aprendizagem Máquina e suas aplicações na Bioinformática e na análise de dados biológicos.
13. Bibliotecas de acesso livre para Bioinformática e mineração de dados.

Bibliografia

D. Mount, Bioinformatics: Sequence and genome analysis, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2nd edition, 2005.

A. Baxevanis, F. Ouellete (Eds) Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of genes and proteins, Wiley, 2004.

N. C. Jones, P. Pevzner, An Introduction to Bioinformatics Algorithms, MIT Press, 2004.

Resultados da aprendizagem

- Identificar, descrever e definir os principais conceitos do campo da Bioinformática;
- Reconhecer os principais problemas da Bioinformática e selecionar classes de algoritmos apropriados para a sua resolução;
- Procurar, utilizar, classificar e avaliar as aplicações de software de bioinformática e análise de dados biológicos disponíveis;
- Aplicar software disponível na resolução de problemas e na análise de dados biológicos, incluindo aplicações finais e bibliotecas de programação;
- Conhecer e perceber as instruções básicas de uma linguagem de programação de forma a implementar algoritmos de Bioinformática e programas para análise de dados biológicos;
- Construir programas simples para resolução de questões de relevância biológica e para integração de aplicações existentes.

Método de avaliação

A Unidade Curricular terá dois elementos de avaliação:
(i) Teste escrito individual (peso de 1/3 na nota final;
(ii) Dois trabalhos práticos realizados em grupos, envolvendo utilização de ferramentas bioinformáticas e a programação de scripts de análise de dados biológicos (peso de 2/3 na nota final; nota mínima de 10 valores). Esta última componente prática é obrigatória, não sendo admitidos a exame os alunos que não a completem.

Funcionamento

Turno: T 1; Docente: Miguel Francisco Almeida Pereira Rocha; Dep.: DI; Horas: 30.
Turno: PL 1; Docente: Miguel Francisco Almeida Pereira Rocha; Dep.: DI; Horas: 15.